El libro se divide en tres partes. La primera —Descubrimiento, conquista y evangelización— relata los hechos desde una perspectiva crítica, ante la cual se desvela el vínculo íntimo entre el descubrimiento y la conquista, como una toma de posesión de tierras y personas, legitimada por conceptos, imágenes y símbolos religiosos. La segunda —Libertad y servidumbre en la conquista de América— analiza los elementos centrales de la gran porfía teórica de la conquista: la licitud de la abrogación de la autonomía de los pueblos aborígenes y los sistemas de trabajo forzoso —esclavitud y encomienda— que se les impuso, tanto a ellos como a las comunidades africanas que se importaban en gran número, como seres desprovistos de libertad política y autonomía personal. La tercera —Hacia una crítica teológica de la conquista— intenta desarrollar justamente lo que su título sugiere: una evaluación no panegírica de la conquista a la luz de los conceptos, imágenes y símbolos evangélicos que ella misma enarboló como su paradigma de legitimidad.